Управление МАОУДО "СШ № 3 "Лидер"" строится на принципах единоначалия и коллегиальности. Единоличным исполнительным органом школы является директор. Директор осуществляет руководство деятельностью школы в соответствии с законодательством РФ и Уставом, несет ответственность за деятельность школы. Директор школы назначается Учредителем. Коллегиальные органы управления: педагогический совет, общее собрание трудового коллектива, наблюдательный совет действующие на основании устава МАОУДО "СШ № 3 "Лидер"".
Педагогический совет является постоянно действующим коллегиальным руководящим органом в образовательном учреждении для рассмотрения основополагающих вопросов образовательного процесса.
Общее собрание работников школы является коллегиальным органом управления. В общем собрании участвуют все сотрудники, работающие в школе по основному месту работы.
Наблюдательный совет является выборным представительным и коллегиальным органом государственно-общественного управления учреждением, создаваемый с целью обеспечения демократического и государственно-общественного управления автономным учреждением и осуществляющий в соответствии с Уставом решение отдельных вопросов, относящихся к компетенции Наблюдательного совета.